Ecosistemul reprezintă nivelul înalt de organizare a comunității, ce include componentele biologice și fizice. Această unitate biomedială este alcătuită din lucruri vii ce interacționează între ele și desigur, cu mediul de viață, acestea fiind interconectate. Biocenoza este reprezentată de componentele vii, iar biotopul reprezintă mediul neviu (condițiile fizico-chimice).
O clasificare exactă a ecosistemelor actuale este complexă și dificil de realizat datorită multitudinilor tipurilor de habitate și diversității acestora, cea mai reprezentativă fiind caracterizarea după structura biotopului. Astfel, există două categorii de ecosisteme.
Ecosistemele terestre au substrat abiotic porțiuni din litosferă. Între ecosistemele supraterane și cele din sol sunt prezente relații strânse.
Ecosistemele acvatice au substrat abiotic, părți din hidrosferă.
O altă clasificare este cea bazată pe influența omului asupra ecosistemului, astfel că există ecosisteme naturale (unde nu există influențe ale omului), naturale modificate (ecosisteme formate pe cale naturală bazându-se pe acțiunile inconștiente ale omului) și amenajate sau artificiale (se reflectă activitatea directă a omului).
Zona de tranziție între ecosisteme se numește ecoton și reprezintă caracteristici unice, fiind determinat de interacțiunile dintre cele două ecosisteme. Ecotonul este supus riscurilor de degradare datorită intensificării relațiilor de concurență între ele și a luptei pentru existență.
La nivel mai mic, caracteristicile ecosistemelor pot împărți sit-ul pe zone specifice în funcție de structura biotopului(configurația fizico-chimică), structura spațială (dispunerea componentelor ce alcătuiesc spațiul fizic tridimensional al biotopului), structura bio-chimică, structura trofo-dinamică (substanța și energia sub forma lanțurilor și rețelelor trofice cu finalizare prin generare de biomasă) și structura biocenozei (stabilirea listelor de specii componente).
Structural, ecosistemele au o modificare dinamică legată de temporalitate (schimbarea cuiburilor, migrarea etc.). Atunci când modificările sunt făcute prea brusc sau lent, se poate contribui la evoluția sau distrugerea și formarea de ecosisteme. Procesul este numit ecogeneză.
Ecosistemele realizează circuite biogeochimice locale, ce stau la baza interacțiunii substanței vi cu chimismul scoarței terestre, astfel că organismele vii acumulează atomi, dar și îi împrăștie în mediu.